从征求意见至今历时两年多时间，《排污许可管理条例(草案)》获得通过。会议明确根据污染物产生量、排放量、对环境影响程度等，对排污单位实行分类管理，规范排污许可证申请审批程序，要求排污单位建立环境管理台账记录制度、公开排放信息，强调加强事中事后监管，对违法行为加大处罚力度，采取按日连续处罚和停产整治、停业、关闭等措施从严处理，提高违法成本。会议还研究了其他事项。
当前无证排污等现象仍普遍存在多年来，我国一直加强推进排污许可证管理工作。2001年，原国家环保总局颁布了《淮河和太湖流域排放重点水污染物许可证管理办法(试行)》，这是我国第一部流域层面的排污许可证管理规定。排污许可制度在一些地方、一些领域内也在不断探索前行。2016年11月，国务院办公厅印发通知，提出到2020年，完成覆盖所有固定污染源的排污许可证核发工作。2016年12月，原环境保护部印发《排污许可证管理暂行规定》，文件提出将分批分步骤推进排污许可证管理，排污单位应当在名录规定的时限内持证排污，禁止无证排污或不按证排污。2018年1月，生态环境部印发《排污许可管理办法(试行)》，要求在2015年1月1日及以后取得建设项目环境影响评价审批意见的排污单位，环境影响评价文件及审批意见中与污染物排放相关的主要内容应当纳入排污许可证管理。
从整体来看，我国排污许可制度正在不断完善，但也存在着诸多问题。比如：排污许可制定位未在法律法规层面理顺明确，按证监管执法体系尚未建立，排污单位主体责任落实不到位，无证排污、不按证排污现象普遍存在，法律未明确排污单位法律责任等，一系列问题都制约了排污许可制度的实施效果。为此，2018年11月，生态环境部公布了《排污许可管理条例(草案征求意见稿)》，并公开向社会征集意见。此次国务院常务会议通过《排污许可管理条例(草案)》，对违法行为加大处罚力度，采取按日连续处罚和停产整治、停业、关闭等措施从严处理，提高了违法成本。基本实现固定污染源排污许可全覆盖排污许可制度是依法规范企事业单位排污行为的基础性环境管理制度，环境保护部门通过对企事业单位发放排污许可证并依证监管实施排污许可制。
排污许可证管理是有效实行企事业单位污染物排放总量控制的基础性工作。2015年，政协第十二届全国委员会委员傅建荣曾建议加快排污许可证立法，他提出，排污许可证制度有利于环保部门及时掌握各方面情况，及时制止违反规定排放污染物、损害环境的活动，并可深化和带动相关的环境管理制度，使环境保护科学化、环境管理定量化。同时，排污许可证是对污染源进行监督管理的基础。实际上，记者在此前的采访中，多位业内人士都曾呼吁要加强排污许可制度的法律地位，加快推进排污许可管理工作。
从美国等发达国家实施成效看，排污许可证管理对于强化环境管理具有非常明显的成效。2019年6月，生态环境部环境影响评价与排放管理司司长刘志全在新闻发布会上回答记者提问时曾表示，排污许可制实施以来，“一证式”管理的理念正在逐步推进，排污许可制度的先进性和生命力开始在实践中得以呈现，取得了积极进展。截至2019年6月27日共发证50894张，登记企业排污信息2.6万余家。今年8月，生态环境部介绍，已基本完成33个行业排污许可清理整顿工作，正在有序推进91个行业发证登记工作，拟于9月底基本完成。目前，全国共计发证34.1万余张，对250万余家企业进行了排污登记，管控大气污染物排放口155.1万个、水污染物排放口114.8万个。在2020年底前有望基本实现固定污染源排污许可全覆盖。